طبق ماده 20 آیین نامه، در صورت تخلف از موارد زیر، دفاتر قانونی، رد خواهند شد:
1-در صورتی که دفاتر ارائه شده، از پلمپ خارج شده و یا به هر دلیلی، یک یا چند برگ آن موجود نباشد.
2-عدم ثبت یک یا چندمورد از فعالیتهای مالی در دفاتر به شرط احراز.
3-ثبت هزینه ها و درآمدها و هر نوع اعمال و اقلام مالی غیر واقع در دفاتر به شرط احراز. نکته مهم اینکه ثبت هزینه هایی که وقوع آن محقق بوده اما به دلایل خاص قانونی، از حیث مالیاتی قابل قبول نیست و برگشت داده می شود، به منزله ثبت هزینه های غیر واقعی تلقی نمی شود.
4-ثبت تمام یا قسمتی از یک فعالیت بین سطور.
5-نوشتن دفاتر با وسایلی که به سهولت قابل محو است (مانند مداد) ممنوع میباشد.
6-در صورتی که دچار اشتباه شدیم، با توجه به این که استفاده از لاک غلط گیر و هر گونه وسیله از این قبیل مجاز نیست، تنها کاری که باید انجام دهیم این است که روی کلمه یا عدد اشتباه، با خودکار قرمز یک خط بکشیم و با همان خودکار یا خودنویس اصلی، درست آن را بنویسیم.
7-تأخیر تحلیل دفتر کل زاید بر حد مجاز مندرج در ماده 14 این آیین نامه تا پانزدهم ماه بعد.
8-عدم ثبت عملیات شعبه یا شعب در دفاتر مرکزی طبق مقررات ماده 15 آیین نامه
9-در اجرای مقررات تبصره 3 ماده 13 این آیین نامه، در مواردی که دفاتر مزبور به ادعای مودی از دسترس وی خارج شده باشد و غیر اختیاری بودن موضوع مورد تایید اداره امور مالیاتی ذیربط قرار نگیرد. (مثلاَ مودی ادعا کند دفاتر به سرقت رفته اما دادگاه رأی خلاف آن را بدهد)
10-عدم ارائه دستورالعملهای نحوه کار با نرم افزارهای مالی مورد استفاده و همچنین عدم تسلیم خلاصه عملیات موضوع ماده 17 این آیین نامه در مهلت مقرر در مورد اشخاصی که از سیستم های الکترونیکی استفاده مینمایند.
11-عدم تطبیق مندرجات دفاتر قانونی یا دفتر مشاغل حسب مورد که به شرح ماده 17 این آیین نامه تهیه و تنظیم گردیده با اطلاعات موجود در سیستم های الکترونیکی، در مورد اشخاصی که از سیستم های الکترونیکی استفاده مینماید.
12-جای سفید گذاشتن بیش از حد معمول در دفتر روزنامه و دفتر مشاغل به منظور سوء استفاده؛ چه دو خط و چه یک صفحه. نکته مهم این که حتما توجه داشته باشید، در این میان باید در مورد صفحاتی که به هم چسبیده اند خیلی دقت کرد. از طرف دیگر هر بار که هنگام نوشتن دفاتر، به منظور انجام کاری فرایند نوشتن قطع می شود، قبل از نوشتن مجدد، بهتر است ابتدا صفحه قبل را مشاهده کنیم تا از صحت پر و خالی بودن آن مطمئن شویم؛ به طوری که منجر به ایجاد اشتباهات جبران ناپذیر نگردد. البته سفید ماندن پایین حساب های کل و پایان دفتر روزنامه یا پایان اسناد، در صورتی که بخش سفید مانده با یک خط بسته شود، به اعتبار دفاتر خللی وارد نمی کند.
13-عدم ارائه یک یا چند جلد از دفاتر امضا شده و پلمپ شده؛ یعنی دفاتری که پلمپ و ثبت شده باشند، نمیتوانند در سالهای آینده مورد استفاده قرار گیرند و باید تا 10 سال آنها را به همان شکل محافظت کرد.
14-استفاده از دفاتر ثبت و پلمپ شده سال های قبل برخلاف ماده 3 این آیین نامه برای پلمپ دفاتر شرکتهای تازه تأسیس
15- بستانکار شدن حساب های نقدی و بانکی، مگر این که حساب های بانکی با صورتحساب بانک مطابقت ننمایند و یا بستانکار شدن حساب های بانکی یا نقدی ناشی از تقدم و تأخر ثبت حساب ها باشد که در این صورت موجب رد دفتر نیست.
16-برای پلمپ دفاتر یک شرکت تازه تاسیس، در صورتی که ثابت شود اسناد ثبت شده در ماشین های الکترونیکی، ظرف مهلت های مقرر در مواد 14 ،13 و 17 آیین نامه (با در نظر گرفتن مقررات تبصره های ماده 13) قطعی نشده باشد؛ یعنی بایستی در خصوص صدور ثبت با استفاده از ماشین های الکترونیکی مهلت مقرر، برای صدور سند قطعی غیر قابل تغییر رعایت شود، به عبارت دیگر اسناد موقت مربوطه، باید به اسناد دائم تبدیل شوند. هر گونه اصلاحات مربوط به عملیات و رویدادهای مالی مربوط به قبل از قطعیت اسناد، باید در همان سال از طریق ثبت های حسابداری اصلاح گردد.
17-تهیه و تنظیم صورت های مالی بدون رعایت مقررات ماده 18 این آیین نامه برای اشخاص حقوقی و مشمولین بند الف ماده 96 قانون مالیات های مستقیم مصوب 27/11/1380
18-اشتباه حساب حاصل از ثبت عملیات موسسه در صورتی که نسبت به اصلاح آن طبق مقررات تبصره ماده 11 این آیین نامه اقدام نشده باشد؛ یعنی اصلاح حساب در همان سال با استفاده از استانداردهای حسابداری و متکی بر ارائه مستندات کافی.
19- برای پلمپ دفاتر شرکت تازه تاسیس در صورتی که مودیان مالیاتی حسب مورد از اوراق مخصوص ماده 169 قانون مالیات های مستقیم استفاده ننمایند. طبق ماده 169 قانون مالیاتهای مستقیم وزارت امور اقتصادی و دارایی میتواند در صورتی که به منظور تسهیل در تشخیص درآمد مودیان مالیاتی کاربرد وسایل، روش ها، صورتحساب ها و فرم هایی را جهت نگاهداری حساب برای هر گروه از آنان ضروری تشخیص دهد، مراتب را تا آخر دی ماه هر سال در یکی از روزنامه های کثیرالانتشار آگهی کند و مودیان از اول فروردین سال بعد مکلف به رعایت آنها می باشند، عدم رعایت موارد مذکور در مورد مودیانی که مکلف به نگهداری دفاتر قانونی هستند، موجب بی اعتباری دفاتر خواهد بود و در مورد سایر مودیان موجب تعلق جریمه ای معادل 20 درصد مالیات منبع میباشد.